È stata fondata a Trieste nel 1933 da Francesco Illy nato nel 1892 a Temesvár, Austria-Ungheria (oggi Timisoara, Romania). La storia dell'azienda è legata alla vita della famiglia del suo fondatore, il quale avvia un'attività imprenditoriale nel settore del cacao e del caffè per poi decidere di dedicarsi esclusivamente al "nero", come viene chiamato a Trieste il caffè espresso al bar. Nel 2016, per la prima volta nella storia dell'azienda, viene nominato un amministratore delegato esterno alla famiglia, Massimiliano Pogliani, mentre Andrea Illy mantiene il ruolo di presidente. illycaffè nel 2017 è stata l'unica italiana ad essere inserita all'interno dell'elenco delle '124 aziende più etiche del mondo' fatto da Ethisphere.